I Hästpojkarna möter vi den 19-åriga hästkillen Anton som jobbar inom hemtjänsten. En av brukarna som Anton jobbar hos är Alexander, en hundraårig man som inte pratar utan kommunicerar med omvärlden genom att stöta med sin käpp i golvet. Ute i lägenheten finns fotografier på hästar och cirkusfolk - och brev från Gestapo. Vem är den gamle mannen?
Parallellt berättas kärlekshistorien mellan pojkarna Alexander "Sasha" och Janek som växer upp på barnhem i Tjeckoslovakien på 1920-talet och hur de via arbete som cirkusartister hamnar i Berlin på 1930-talet när nazisterna tar makten.